截至2018年末，休宁县拥有医疗卫生机构26个。其中：医院、卫生院23个，妇幼保健计划生育服务中心1个，疾病预防控制中心1个，卫生监督所1个。各类医疗卫生技术人员870人，比2017年增长5.2%。其中，执业（助理）医师351人，比2017年同期增长6.4%；注册护师、护士370人，增长4.2%。医疗卫生机构床位数891张，与2017年持平。